home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Software Vault: The Sapphire Collection / Software Vault (Sapphire Collection) (Digital Impact).ISO / cdr14 / med9410l.zip / M94A1883.TXT < prev    next >
Text File  |  1994-10-24  |  3KB  |  52 lines
  1.        Document 1883
  2.  DOCN  M94A1883
  3.  TI    Precision and power of discrimination of a novel quantitative HIV RNA
  4.        PCR assay.
  5.  DT    9412
  6.  AU    Kwok S; Christopherson C; McKinney N; Mulder J; Meyers L; Sninsky J;
  7.        Roche Molecular Systems, Alameda, CA 94501.
  8.  SO    Int Conf AIDS. 1994 Aug 7-12;10(1):43 (abstract no. 146B). Unique
  9.        Identifier : AIDSLINE ICA10/94370692
  10.  AB    OBJECTIVE: Determine the precision and power of discrimination of a
  11.        simple and colorimetric HIV-1 quantitative RNA PCR assay. METHODS: A
  12.        quantitative PCR assay for HIV-1 RNA has recently been published (J.
  13.        Clin Micro., Feb 1994). To assess the variability of the assay, each
  14.        step of the assay (detection, amplification, and sample preparation) was
  15.        dissected and studied. The reproducibility of the assay was determined
  16.        by statistical analysis of duplicate standard deviations of log copies.
  17.        This data was used to calculate error rates associated with the decision
  18.        of whether two samples have different copy numbers. RESULTS: To
  19.        determine the reproducibility of the microwell detection plates,
  20.        amplified products were analyzed on duplicate wells on two plates. The
  21.        coefficient of variation (CV) of O.D.s was 2-4% within plates and no
  22.        more than 6.5% between plates. The analysis of multiple amplifications
  23.        from the same prepared samples demonstrated O.D. CVs of less than 12%,
  24.        which includes variability contributed by the detection system. To
  25.        address variability in sample preparation, quadruplicate extraction were
  26.        performed on 4 specimens. CVs of 8-30% were observed; the higher CVs
  27.        were associated with lower copy numbers (300 copies/ml). The standard
  28.        deviation of log copies (S) for the assay was determined to be 0.2
  29.        (which approximately correlates to a CV of 20%). This allows one to
  30.        recognize with 95% confidence that two samples are different if the
  31.        ratio of the copy number estimates are not between 0.57 and 1.75.
  32.        DISCUSSION AND CONCLUSION: The quantitative RNA assay described shows
  33.        good precision and can discern relatively minor changes in viremia. With
  34.        a sensitivity of 100 copies/ml, we have demonstrated that this procedure
  35.        can be used to monitor viremia in individuals a) with undetectable p24
  36.        antigen, b) with high CD4 counts, C) undergoing antiretroviral therapy,
  37.        d) post-seroconversion, and e) diagnose neonates born to infected
  38.        mothers.
  39.  DE    Analysis of Variance  Antiviral Agents/THERAPEUTIC USE
  40.        Colorimetry/METHODS/STATISTICS & NUMER DATA  Female  Human  HIV Core
  41.        Protein p24/BLOOD  HIV Infections/BLOOD/DRUG THERAPY/MICROBIOLOGY  HIV
  42.        Seropositivity/BLOOD/DIAGNOSIS/MICROBIOLOGY  HIV-1/*GENETICS/ISOLATION &
  43.        PURIF  Infant, Newborn  Leukocyte Count  Maternal-Fetal Exchange
  44.        Polymerase Chain Reaction/*METHODS/STATISTICS & NUMER DATA  Pregnancy
  45.        Pregnancy Complications, Infectious/MICROBIOLOGY  RNA,
  46.        Viral/*BLOOD/*GENETICS  Sensitivity and Specificity  T4 Lymphocytes
  47.        Viremia/BLOOD/DRUG THERAPY/MICROBIOLOGY  MEETING ABSTRACT
  48.  
  49.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  50.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  51.  
  52.